日本海边别墅非常便宜的主要原因与多方面的经济、社会和地理因素有关，以下是一些关键原因：
1. 人口老龄化与农村人口外流
日本面临着严重的人口老龄化问题，尤其在农村和海边小镇。这些地区的年轻人往往会迁移到大城市寻找工作和生活机会，留下大量房屋无人居住。这些空房或废弃房产无人打理，导致房屋价值下降。
2. 自然灾害的风险
日本是一个多自然灾害的国家，尤其是沿海地区，常常受到台风、海啸和地震的影响。这些自然灾害增加了沿海房产的风险，减少了买家对这些地区的兴趣，也导致房价降低。
3. 房产维护成本高
一些海边别墅由于年久失修，房主没有足够的资源或动力去修缮和维护它们。沿海环境对建筑物的侵蚀作用（如盐水侵蚀）也更强，使得房屋的维护成本更高。如果买家接手，通常需要支付额外的修缮费用，这也是导致价格便宜的原因之一。
4. 基础设施和服务不足
许多日本的海边小镇由于人口减少，基础设施和公共服务（如医院、学校、超市等）逐渐减少甚至关闭。对于许多买家来说，生活便利性差，使这些房屋的吸引力降低，从而导致价格下跌。
5. 政府鼓励人口回流
为了振兴这些人口稀少的地区，一些地方政府推出了激励政策，包括低价出售房屋或提供“空き家バンク”（空房银行）项目，吸引人们搬到这些地区居住。政府甚至提供补助金或免除部分税费，进一步降低了房产的购买和居住成本。
6. 土地稀缺和法律限制
日本的土地资源相对有限，许多房屋建在非常偏远的区域，土地使用有限制。此外，日本的继承税也比较高，很多继承人宁愿放弃继承这些负担较大的房产，从而导致市场上有大量廉价甚至免费的房产。
因此，虽然这些别墅在价格上非常吸引人，但由于其地理位置、自然灾害风险和生活便利性等问题，很多人并不愿意购入。